CRISPR筛选结合单细胞测序（CROP-seq）

1. 项目简介

该技术是将“CRISPR遗传操纵”与“单细胞高分辨率表型分析”结合起来，旨在同时研究复杂细胞过程中基因的功能及其调控网络。包括Perturb-Seq、CRISP-Seq和CROP-seq技术。

CRISPR-Cas9基因组编辑技术是生物研究和新型靶向药物研发的有力工具。利用CRISPR文库筛选基因（pooled CRISPR screens），可以通过CRISPR gRNAs靶向成百上千个不同的基因，同时编辑许多细胞，然后实验筛选编辑细胞，gRNA可以帮助确定哪些基因对于生物学作用机制具有至关重要的作用。

CROP-seq（CRISPR droplet sequencing）创造性地组合了基因组学领域两个最有希望的技术，能大规模完成前所未有的高通量基因调控的分析。其技术优势在于弥补传统手动方法的数量限制性，可同时研究数十至数百个基因缺失引起的细胞调控网络的变化，成本大大降低。

新开源晶锐为您提供专业的CROP-seq技术服务，可针对某特定代谢、信号通路或疾病相关Panel，在基因层面进行“扰动”，研究多个基因在生物学过程中的功能。

2.技术流程

3.技术优势

与传统的基因敲除后进行转录组分析相比，CROP-seq技术优势如下：

1）CRISPR/Cas9介导的基因编辑。

2）传统技术，需要将含有受到破坏的基因的细胞汇集在一起，提取出它们的mRNA，并进行测序，CROP-seq结合10X Genomics微流控单细胞测序技术，采用分子标签鉴定细胞

3）传统方法，研究的基因数目越多，成本越高;CROP-seq技术可以大大降低成本。

4）传统方法相比，周期可以大大缩减。

4.应用领域

生长、发育、免疫、药物研发、各类疾病、各类肿瘤、心血管等领域都具有可研究的空间。

5.分析内容

1）Cellranger(CloupeFile目录)

2）数据质控(QC目录)

3）聚类分析(Cluster目录)

4)细胞标记基因分析(CellMarker目录)

5)细胞标记基因功能分析(FUN目录)

6.客户要求

1）选择好需要研究的靶向基因群、信号通路,定制panel；

2）选定研究的细胞系。

`

7.案例分析

TCR信号通路的各个基因的重要性分析

1）CROP-seq文库设计：靶向6个高水平的T细胞受体的调节分子信号通路，和23个转录因子，20个不靶向于任何基因的阴性对照、9个细胞生存必须的基因。

2）建立模型：病毒文库感染Jurkat细胞，用CD3或者CD28抗体激活TCR，进行CROP-seq分析。

3）分析方法：通过单细胞转录谱降维，计算出每个细胞的transcriptome signature。比较不同刺激条件下，缺失某个基因对TCR标志的影响。

4）挖掘出多个关键基因进行验证。

图1：

图2：

8.该技术近几年的发展状况。

参考文献：

您可以点击下方链接联系我们：

https://www.wjx.cn/jq/102659911.aspx