一、项目简介

Ribosome Profling作为Polysome profling的衍生技术，能捕获被核糖体结合的mRNA序列信息，该技术适用于研究蛋白表达的机制和效率，通过测定与核糖体结合的mRNA的丰度，对蛋白翻译的多个层面进行研究，包括特定基因的翻译效率，短ORF的翻译调控，核糖体翻译停顿等。Ribosome Profling基于核糖体结合mRNA后，核糖体对与之结合的30nt mRNA序列具有保护作用，经过一系列提取纯化后，分离得到与核糖体结合的mRNA序列，结合新一代高通量测序，和生物信息学分析，能获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况，了解蛋白质表达水平及其丰度，还能直接对翻译过程进行研究。

与常规的RNC-Seq相比，Ribo-seq研究的是被核糖体保护的正在进行翻译的mRNA片段，而RNC-Seq则是对与核糖体形成复合物的mRNA全长序列进行测序研究。因此，Ribo-seq能准确预测蛋白翻译的丰度，而RNC-Seq则不能。

二、技术路线

三、实验周期

从拿到样品到基本的数据分析，项目周期通常在4周左右。若有特殊的分析要求需根据具体情况而定，通常个性化服务的分析控制在2周以内。

四、信息分析

1）发现和鉴定新蛋白的编码区和新的阅读框；

2）蛋白质差异表达分析；

3）非编码RNA（miRNA、LncRNA、cirRNA）作用机制研究

4）根据测序信息识别转录本来源，区分同源基因；

5）确定正在翻译的基因，并确定翻译起始效率；

6）通过翻译机制的研究，确定新的分子功能

五、送样要求

样品培养到合适时间点时，需要在培养基中添加放线菌酮(CHX, 终浓度为100μg /mL)处理，液氮速冻后保存于-80度。（根据具体实验和样品类型调整，详情请咨询）

六、参考文献

a. Dalley BK, Baird L, Howard MT. 2018. Studying Selenoprotein mRNA Translation Using RNA-Seq and Ribosome Profiling. Methods Mol Biol 1661: 103-123.

b. Ingolia NT. 2016. Ribosome Footprint Profiling of Translation throughout the Genome. Cell 165: 22-33.

c. Jiang Z, Yang J, Dai A, Wang Y, Li W, Xie Z. 2017. Ribosome profiling reveals translational regulation of mammalian cells in response to hypoxic stress. BMC Genomics 18: 638.