一、项目简介

      染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）主要用于研究细胞内蛋白（一般为组蛋白或转录因子）与基因组DNA的相互作用，揭示组蛋白修饰水平或特定转录因子在基因组上的结合位点，进而实时反映该时间点下，样品的表观遗传学修饰和调控情况。该技术通过特异性抗体富集交联基因组DNA后的目的蛋白，然后分离提取与其结合的基因组DNA，结合新一代高通量测序技术，利用生物信息学对其序列进行鉴定分析，以确定目的蛋白在基因组上的结合位点。

二、技术路线

三、实验周期

项目周期通常在 20 – 30 个工作日
       若有特殊的分析要求需根据具体情况而定

四、信息分析

 a)ChIP-Seq 序列与参考序列比对；

 b)Peak calling ：统计样品 Peak 信息（峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数）；

 c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度；

 d) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释；

 e)对序列进行Motif分析；

 f)在多个样品间，对Peak进行差异分析；

 g)在多个样品间，对与 Peak 关联基因做差异分析；

五、送样要求

  表观修饰（组蛋白乙酰化、甲基化等）:需要甲醛交联后的1X10⁶个细胞;

  转录因子:需要2X10⁷细胞;

  不同的样本前期处理与细胞数量具体咨询技术。

六、参考文献

a. Grosselin K, Durand A, Marsolier J, Poitou A, Marangoni E, Nemati F, Dahmani A, Lameiras S, Reyal F, Frenoy O et al. 2019. High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer. Nat Genet 51: 1060-1066.

b. Raj U, Aier I, Semwal R, Varadwaj PK. 2017. Identification of novel dysregulated key genes in Breast cancer through high throughput ChIP-Seq data analysis. Sci Rep 7: 3229.

c. Sakata T, Shirahige K, Sutani T. 2017. ChIP-seq Analysis of Condensin Complex in Cultured Mammalian Cells. Methods Mol Biol 1515: 257-271.