一、项目简介

通过使用高通量测序对转座酶可接近性核染色质区域进行分析（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）的一种创新表观遗传学研究技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。

真核细胞通过将基因组DNA与组蛋白进行不同层次的折叠组装成染色质，这些精密组装信息在基因转录调控中起决定性作用。染色质区域的可接近性是特异性反式作用因子和顺式调控元件相互作用的前提，基因表达的异常或者染色质调控因子的改变都将对细胞的命运产生深远的影响，进而导致各种疾病的发生、发展。目前该技术已被广泛应用于转录调控序列的鉴定。ATAC-seq技术可运用于所有真核细胞重编程的研究，在医学领域是重大疾病发病机制、药物作用机制、新药研发和生物标志物功能等研究的新一代有利工具。

二、技术流程

三、技术优势

  起始量低：低起始量可以做到500个细胞进行建库。

  实验周期短：25个工作日完成建库及测序分析。

  严格的质量控制：我们已建立成熟稳定的ATAC-seq技术流程,重复性好、数据稳定。

  专业数据分析：专业的统计和生信分析，出版级的图表展示，完整全面的分析报告。

四、应用领域

  1.染色体开放性图谱绘制（所有物种适用）

  2.作物表观修饰差异研究（主要包括水稻、玉米、小麦等）

  3.胚胎发育表观遗传修饰（胚胎学发育研究）

  4.肿瘤发生表观机制研究（肿瘤标记及病理研究）

  5.疾病潜在标志物的预测（病理及生物标记）

  6.肿瘤异质性或分型研究（肿瘤分型与微环境研究）

五、分析内容

  a)数据质量过滤；

  b)参考序列比对；

  c)比对分析（1）测序深度统计；（2）插入片段长度分布；（3）reads分布可视化；

  d)peak分析（1）peak相关基因；（2）GO,KEGG富集分析；（3）差异peak分析；（4）差异基因分析；

  e)核小体定位；

  f)染色质开放图谱；

六、样品要求

  人，大鼠或小鼠的细胞（5x10⁵个）

  细胞需经特殊处理（会根据客户情况提供详细制备指引）。