越来越多的证据表明,circRNA 编码的蛋白质在调节各种细胞事件中发挥着关键作用,但由于技术困难,可翻译的circRNA和circRNA特异性蛋白质的鉴定滞后。
2021年,中国科学院上海营养与健康研究所王泽峰研究员和张国庆研究员发布了全新的circRNA翻译预测和分析的数据库:TransCirc,其中包含超过300 000个circRNA的信息以及文献的多组学证据,以支持circRNA翻译。该数据库为可翻译的circRNA及其翻译产物提供数据搜索引擎和可视化界面,以及支持其翻译和分析工具的调控元件,以了解circRNA编码基因的潜在功能。
mRNA的翻译是由核糖体进行的,它可以在主动翻译的mRNA中形成多聚核糖体(Polysome)。因此,与核糖体/多核糖体的结合可以作为可翻译circRNA潜力的强有力的预测证据。数据库收录了4284个有核糖体印迹或多聚核糖体分析(RP/PP)的证据circRNA,挖掘分析circRNA与核糖体的关联。
TransCirc数据库另外还整合了各种与翻译相关的证据,如蛋白质谱证据(MS)、潜在翻译产物序列分析(SeqComp)、IRES、m6A修饰位点信息、翻译起始位点信息(TIS)、ORF信息。
参考文献:
Huang W, Ling Y, Zhang S, Xia Q, Cao R, Fan X, Fang Z, Wang Z, Zhang G. TransCirc: an interactive database for translatable circular RNAs based on multi-omics evidence. Nucleic Acids Res. 2021 Jan 8;49(D1):D236-D242. doi: 10.1093/nar/gkaa823. PMID: 33074314; PMCID: PMC7778967.
数据库链接
TransCirc (https://www.biosino.org/transcirc/)
数据库实操,宝子们可参考:http://www.360doc.com/content/22/0501/22/79201938_1029325928.shtml